Вообще, в стандартный набор vorbis-tools входит утилита vcut, как раз для этого. Но где скачать под windows, не знаю.
Под windows варианты нашлись такие:
Не графический, но бесплатный — OggVorbis Cutter
(кажется это и есть этот самый vcut).
Взят отсюда
Графический есть, но shareware:
Re: Подскажите редактор ogg-файлов.